Xhuliano Brace, toimitusjohtaja ja Rhizome Research -tiimin perustaja. (Kuva juurakosta)
Xhuliano Brace tajusi nopeasti, että pääomasijoittajat eivät aikoneet kirjoittaa suuria shekkejä kahdelle alle 30-vuotiaalle perustajalle, jotka noudattivat hänen kuvailemaansa “vastakohtaista” lähestymistapaa tekoälyn käyttöön uusien lääkkeiden suunnittelussa.
Joten hän tekee vedon itse.
Työskenneltyään neljä vuotta tekoälyprojektien parissa Amazonilla, Brace jätti teknologiajätin rahoittamaan visionsa itse. Käyttäen henkilökohtaisia säästöjä ja verkkokaupan tuottoja hän sijoitti kuusinumeroisen summan Rhizome Researchiin, Seattlessa sijaitsevaan startup-yritykseen, joka kehittää tilaustyönä pieniä lääkkeen kaltaisia molekyylejä.
Viime vuoden lanseerauksensa jälkeen viiden työntekijän startup tuli hiljattain salaa. Albanyn yliopistosta matematiikan, tietojenkäsittelytieteen ja taloustieteen tutkinnon suorittaneen toimitusjohtaja Bracen lisäksi Rhizomen johtoon kuuluu:
Yiwen Wang, toinen perustajista ja johtava tutkija, on kemian tohtori Carnegie Mellonin yliopistosta. Gregory Sinenka, pääteknikko, fysiikan tohtori ja työskenteli eurooppalaisessa tutkimuskeskuksessa ja Johnson & Johnsonissa. John Proudfoot, entinen Boehringer Ingelheimin Yhdysvalloissa sijaitsevan lääkekemian osaston johtaja, toimii tieteellisenä neuvonantajana. Erilainen lähestymistapa huumeiden löytämiseen
Yiwen Wang, yksi Rhizome Researchin perustajista ja johtava tutkija, ja Gregory Sinenka, johtava teknologia. (Rhizome-kuvat)
Sen sijaan, että olisi työskennellyt olemassa olevilla molekyylinrakennustyökaluilla, Rhizome on luonut oman jalostetun perusmallinsa, nimeltään r1. Tekniikka on “graafin neuroverkko”, ja se on koulutettu yli 800 miljoonalle pienelle lääkemäiselle molekyylille.
Lähestymistapa eroaa Washingtonin yliopiston Protein Designin instituutin luomasta suositusta RoseTTAFold-mallista, joka perustuu olennaisesti proteiineja rakentaviin aminohappoihin.
R1-malli keskittyy atomeihin ja sidoksiin, jotka muodostavat molekyylin ja sen topografian. Siellä graafin idea astuu esiin: atomit ovat analogisia kaavion pisteiden kanssa, kun taas sidokset ovat samanlaisia kuin niiden yhdistävät viivat.
Tiimi pyrkii tarjoamaan fragmenttipohjaista lääketutkimusta luomalla pieniä molekyylejä, jotka on optimoitu sitoutumaan asiakkaan määrittämiin kohteisiin. He varmistavat, että jokainen lääkekandidaatti voidaan syntetisoida tehokkaasti laboratoriossa ja sopii patenttisuojaan.
Rhizome julkaisi viime viikolla ADAMSin, avoimen lähdekoodin automatisoidun tekoälytyökalun, joka simuloi biologisten molekyylien välistä sitoutumista luonnollisen kielen ohjeiden avulla. Hän aikoo myös jakaa MolSimin, joka on fysiikkaan perustuva simulaatio, joka käyttää kehittyneitä vapaan energian laskelmia, jotka ennustavat kuinka tiukasti pieni molekyyli sitoutuu kohteeseensa. MolSim ei ole avoin lähdekoodi.
Visio keskuksesta Seattlessa
Rhizome on äskettäin solminut kumppanuuksia märkälaboratorioiden kanssa, jotka voivat vahvistaa suunnittelemiensa lääkkeiden todellisen suorituskyvyn, ja tutkii asiakassuhteita.
Brace toimii Foundationsista, Seattlessa sijaitsevasta startup-yhteisöstä, jonka on käynnistänyt yrittäjä ja sijoittaja Aviel Ginzburg. Rhizomen muut työntekijät työskentelevät etänä, mutta suunnitelmana on tuoda ihmisiä Washingtoniin.
“Haluan todella tehdä Seattlesta pienen molekyylin lääkekehityksen keskuksen”, Brace sanoi.
Hän viittasi Allen Instituten, Institute for Protein Designin ja muihin Seattlen alueen organisaatioihin avaintoimijoina. Alueella toimii myös useita lääkesuunnitteluun liittyviä startup-yrityksiä, kuten Pauling.AI, Synthesize Bio ja Xaira Therapeutics, jonka pääkonttori on San Franciscossa ja laboratoriot Seattlessa.
Brace sanoi olevansa innoissaan mahdollisuudesta työskennellä projektin parissa, jolla voi olla merkittävä vaikutus ihmiskuntaan, eikä hän katu omien rahojensa osallistumista ponnisteluihin. Hän suhtautuu yleensä optimistisesti tekoälyn käyttöön molekyylien suunnittelussa, olipa kyseessä sitten terveydenhuolto tai materiaalitieteen ja edistyneen valmistuksen kaltaisilla aloilla.
“Tämä on mielenkiintoisin ongelmapaikka”, Brace sanoi.